افضل الدین ابراهیم خاقانی در سال ۱۱۲۰م. در روستای «ملهملی» نزدیک شهر شاماخی ، در یک خانواده ی نجار متولد شد. مادر خاقانی دختر نستوری (مسیحی) بود که بعدها به اسلام گروید. ابراهیم هنوز هشت ساله بود که پدرش على « تاب و توان تحمل ستم زمانه » را از دست فروهشت و روی در نقاب خاک کشید و پرورش کودک را به عهدهی مادر واگذاشت .
ابراهیم تحصیلات ابتدایی را پیش عموی خود کافی الدین عمر بن عثمان به انجام رسانید و صرف و نحو ، نجوم ، طب، حکمت، فقه و ادبیات را پیش او آموخت و از مهر پدرانه اش بهره برد . ابراهیم بعدها در اثر مشهور خود «تحفه العراقین» از عموی خود که در تربیت و تحصیل او رنج زیاد بر خود هموارداشته سخن گفته است:
مسکین پدرم زجور ایام ، افکند مرا چو زال را سام ….
